藏经阁为两层文物楼。建于1936年。楼下是法堂，是僧人讲经说法的地方。二楼是玉佛宝殿，有缅甸玉佛28尊，并珍藏中外佛典经书数万卷。其中较为珍贵的有宋代《碛砂藏经》，明代《大藏经》、《佛说阿弥陀经》、血书《妙法莲花经》、《日本大藏经》等，还有唐代铜佛、宋代铜塔、明代观音菩萨施甘露像，以及高僧大德的墨宝。
1924年，南普陀寺由临济宗转逢和尚改为十方丛林选贤制，会泉法师任第一任方丈。寺内有1925年创办的为国内最早的佛教学府－－闽南佛学院。1934年，弘一法师又增办佛教养正院，迎来了南普陀寺建寺以来前所未有的兴旺时期。1937年，佛学院因抗战而停办。十几年间佛学院共培养学生200余人，不少人为马来西亚、新加坡、菲律宾等东南亚国家的佛教事业做出巨大贡献。1985年，佛学院重新办学，现设养正院、预科班、正科班，各为两年制，1992年起又增设二年研究班，在国内及东南亚地区有着广泛的影响。南普陀寺与厦门大学仅一墙之隔，却两种意境；"古朴与摩登并存，小和尚和大学生为邻。"